进行内镜手术前需要从心理、生理上做好充分的准备。首先，应消除恐惧心理，充分了解手术过程及相关并发症；其次，要告知医生相应的病史，比如高血压、冠心病、糖尿病等，然后对血压、心率进行检测，甚至有的患者还需要做心电图、超声心动图、心肺功能的评估等检查；再次，还要详细告知医生近期吃过哪些药，因为一些药物会影响治疗的安全性，如阿司匹林、波立维、华法林等药物，应停止服药7天以上才能做内镜手术，减少术中或术后出血可能，并且在治疗前，还需要检查凝血等相关指标来确保手术安全。最后，肠道准备非常重要。术前1天吃少渣、流质饮食，术前4-6小时禁食，应遵照医嘱服用清洁肠道的药物，缓慢匀速服完污药，服完清洁肠道的药物后，可以继续喝清水，直至最后一次大便颜色为无色透明。便秘患者需加大清洁肠道的药物用量或进行灌肠处理。
  需特别说明，治疗高血压、甲亢等药物不需要停服，仅治疗糖尿病的药物需停药；拟行无痛肠镜的患者在术前 4~6小时禁饮大量清水，防止误吸，但是并非所有人都适合做无痛肠镜。考虑到患者的安全，建议由专业麻醉医生来评估是否能做无痛肠镜。