肠镜检查是诊断大肠疾病尤其是大肠早癌的重要方法，可以适用于大部分人。但有一小部分 患者因为各种原因，不适宜进行肠镜检查。存在下列情况者暂时不适合接受肠镜检查。
  1.肛门、直肠严重化脓性病变，如肛周脓肿或存在肛裂等疼痛性病灶者不适宜接受肠镜检查。这种情况下行肠镜检查可能会引起肛周感染扩散到盆腔或全身，或引起无法忍受的剧烈疼痛。
  2.各种急性活动期肠炎患者，如细菌性痢疾活动期、溃疡性结肠炎急性期不宜实施检查。因为在急性炎症的情况下，肠道会发生水肿、充血，肠壁组织变薄、顺应性下降，肠镜检查更容易发生肠穿孔等并发症。
  3.妊娠期妇女行肠镜检查需要谨慎，妇女月经期一般不宜做检查以免导致泌尿或生殖系统感染。
  4.腹膜炎、肠道穿孔等急腹症患者不适宜检查，否则可能会加重病情
  5.腹腔内广泛粘连（一般发生于腹部外科手术后)，以及各种原因导致的肠腔狭窄导致肠镜进镜困难时不能强行继续检查，否则可能导致出血、肠道穿孔、系膜断裂等严重并发症。
  6.身体特别虚弱、高龄人群以及有严重高血压、贫血、冠心病心肺功能不全、心脑血管疾病者，可能会对肠镜检查 不耐受，故不宜实施检查。
  7.儿童及精神疾病者一般不宣实施检查。如检查必不可少，可考虑在麻醉下实施。