胃镜检查是一种侵入性的检查方法，总的来说。胃镜检查的安全性是很高的。检查时內鏡头端依次通过口腔、咽部、食管、胃，到送十二指肠上段，为了全面仔细观察食管、胃壁及部分十二指肠，需要反复注入空气、抽拉及旋转內镜及反转镜身观察 （将镜身前端反折180°曲脚端向头端观察胃黏膜），检查有一定的风险，可能遇到的并发症包括下颌关节脱位、咽喉部损伤、喉头痉挛、误吸及吸入性肺炎、贲门黏膜撕裂及其他上消化道黏膜损份，罕见有胃食管及十二指肠穿孔和大量出血、心脏意外事件等。
  下领关节脱位通常是因为胃镜检查时张口过大或张口时间过长导致，出现张口不能闭合、流口水、说话不清，通过手法复位可将脱位关节恢复。咽喉部严重损份较为少见，通常是进镜时患者过于紧张导致咽喉紧闭、操作者盲目暴力插镜导致，出现局部血肿、出血甚至脓肿形成，较常见的咽部损伤为胃镜镜身摩擦导致的黏膜轻微伤，出现咽部疼痛、异物感和睡液中少量血丝，只要清淡饮食很快可以自愈。
  胃镜插入方向错误或进镜时患者咳嗽，导致胃镜误入气道，诱发喉头或气管痉挛，导致剧烈的呛咳、喘憋甚至窒息。胃镜检查时医生会反复告诉患者尽量避免吞咽动作，咽下的唾液容易进入气道诱发呛咳。另外，检查诱发的呕吐可导致胃内液体反流进入咽部并误入气道，导致气道误吸胃液甚至胃内猪留的食物，这可能导致吸入性肺炎的发生。因此，胃镜检查前禁食、禁水4~6小时非常重要。
  贲门黏膜撕裂通常是由于胃镜检查诱发剧烈呕吐、胃內压骤然上升导致胃食管交界处黏膜斯裂，适常会伴有出血，需要抑酸药物和黏膜保护剂的治疗或内镜下治疗。其他出现的检查相关出血通常和活检有关，退出内镜前应观察确保创面没有持续出血。消化道穿孔十分罕见，因医师技术不熟练或操作粗暴偶可见梨状窝、食管下段及十二指肠穿孔。
  胃镜检查对于有心脏病者可能诱发心绞痛及心律失常等，有相关病史者需要在检查前向医师说明，检查中一旦出现不适需要及时示意操作医师中断检查。
  胃镜检查有一定的风险，但只要把握好检查的适应证和禁忌证加上患者积极配合，医师轻柔规范操作，该检查是安全的。