清醒状态下的胃镜总体上来说会带来不适感，这种不适感有别干于疼痛，主要是镇身在消化道内活动造成的异物照和牵拉导致的，患者能接受清醒状态下检查并积极配合能有效降低这种不适感。
  进行清醒状态下胃镜检查前可先大致了解胃镜检查过程中的路径：口腔——咽部——食管——贲门——胃腔——幽门——十二指肠球部——十二指肠降部——退镜——胃窦，反转镜身观察胃角、胃体、胃底、费门，取消
反转镜身——胃体——贲门——食管——口腔。
  首先需要克服的是咽喉反射。人的咽喉反射非常敏感，当胃镜进入口腔到达咽喉部时，会刺激咽喉导致恶心、呕吐，严重时可以导致喉痉挛而窒息，通常男性和抽烟、饮酒会导致咽喉敏感。因此，在清醒胃镜检查前会给预麻药喷于舌根和咽后壁来抑制咽喉反射。当内镜到达此处时，患者应尽量保持咽部的放松状态，也可听医生指挥进行吞咽，帮助胃镜镜身顺利进入食管。
  胃镜通过咽部进入食管后不适感会明显减轻，但因检查全程镜身一直卡在咽喉部并在前进后退，可能会反复诱发恶心，这时通过鼻腔深吸气和嘴深呼气可以有效抵抗不适感和恶心。一旦内镜进入食管需停止吞咽，因为此后的吞咽将导致口水进入气管而呛咳，咽下的口水进入胃内也会影响观察胃壁。
  胃镜检查需要经过三道门，分别是咽部-食管交界、食管-胃交界（贲门）和胃- 十二指肠交界（幽门）。自然状态下，这3处仅在食物通过时会主动“开门”，胃镜通过时需外力将门打开，患者会有明显感觉，感知检查的内镜到了哪一个部位。胃镜从十二指肠球部进入降段时不适感十分强烈，此处弯曲角度较大、空间较小，操作者熟练、轻柔的手法和快速完成观察可减轻不适感。胃镜到达十二指肠降部后开始退镜观察，相较于进镜时不适感明显减轻，但在胃窦部反转内镜观察 （将镜身前端反折 180°由脚端向头端观察胃黏膜）时需向胃腔大量注入气体，不适感也会十分强烈。
  因此，对清醒状态下胃镜检查十分恐惧的人如有条件建议改行麻醉状态下胃镜检查。对于不适合做麻醉胃镜检查的患者来说，清醒状态下的胃镜检查是可以接受的，但需要有充分的准备和良好的配合，检查中不能耐受时可以示意医生中断检查。